Giannutri è l'isola più meridionale dell'Arcipelago Toscano e si trova a circa 6 miglia a sud dell'Isola del Giglio, del cui comune fa parte.
Lunga circa 3 chilometri e larga poco più di 500 metri, per una superficie di 2,3 km2, ha due approdi: Cala Spalmatoio, a sud-est e Cala Maestra, a nord-ovest. In prossimità di Cala Maestra si trovano i resti di una bella villa romana del II secolo d.C., edificata dalla famiglia dei Domizi Enobarbi.

Subacquea
L'isola ha notevole interesse per la subacquea, grazie alle pareti verticali ricche di gorgonie, spugne, coralli e tunicati. Oggi la maggior parte dei fondali sono stati indicati come zona protetta di tipo "A" (nella quale sono proibite la navigazione, la pesca e le immersioni) e quindi da un lato si è favorito il ripopolamento ittico, dall'altro ha reso difficile trovare dei buoni punti d'immersione. Si possono comunque trovare liberi per l'immersione le estese praterie di posidonia e i due relitti dell'Anna Bianca (a 40-50 metri di profondità) e del Nasim (a 60 metri).