Giglio Porto si trova sulla costa orientale dell'isola, costituendone l'approdo per le imbarcazioni e i traghetti provenienti dalla costa toscana.
L'abitato, originariamente costituito da case di pescatori, si sviluppa attorno al porto ed è caratterizzato dal lungomare e da vie che si aprono nella caratteristica Piazza della Dogana, considerata il salotto dell'isola.
Tra i monumenti di interesse storico spiccano la Torre del Saraceno, di origini medievali, e la Chiesa della Madonna del Giglio.

Giglio Castello si trova nella parte centrale, più alta ed interna, dell'Isola del Giglio. L'abitato, di origini medievali si caratterizza per l'imponente Rocca aldobrandesca, parte integrante del complesso castellano assieme alle caratteristiche e ben conservate mura e ad alcune torri. Nel borgo medievale si trovano anche due chiese, una dedicata a San Giorgio, l'altra a San Pietro; quest'ultima custodisce al suo interno il "tesoro" di papa Innocenzo XIII e un magnifico Crocifisso eburneo del Giambologna.

Giglio Campese è una moderna località balneare situata sulla costa occidentale dell'isola, davanti ad un'ampia spiaggia racchiusa in una baia, la cui estremità meridionale è delimitata da una serie di suggestivi faraglioni, mentre l'estremità settentrionale è chiusa dalla cinquecentesca Torre del Campese. Presso la torre di guardia sorge un approdo turistico per piccole imbarcazioni.

I punti di immersione dell'isola.
L'isola riveste un grande interesse per la pratica della subacquea, ed è ritenuta spesso come una delle più amate dai sub in Italia. È nota per via delle immersioni poco impegnative, ma soprattutto per le bellissime gorgonie rosse visibili oltre i 35 metri di profondità, accompagnate da un ricca fauna marina caratterizzata anche da rarità, come le stelle marine della specie Astrospartus mediterraneus, dette stelle gorgone.